COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.708329 3.617431
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.561229
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.492977
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 3.425280
2020-10-01 17:00:00 3.756284 3.756284 3.349162
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 3.266913
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 3.195929

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 4.087193 4.087193 2.979205
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 2.969046
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 2.874022
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 2.918529
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.828758
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.745666
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.700366

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.541850 2.789874
2020-10-04 17:00:00 3.517588 3.517588 2.754473
2020-10-03 17:00:00 3.428971 5.720957 2.732114
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.635240
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.526237
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.476990
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.417202

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.691176 1.025704
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.039752
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 1.013059
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.971717
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.930397
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.911633
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.549753 0.915309

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 7.323926
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 7.143256
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 6.937814
2020-10-02 17:00:00 6.371912 6.371912 6.612017
2020-10-01 17:00:00 5.217391 7.606046 6.346127
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 6.157015
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.874244

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.063995
2020-10-04 17:00:00 4.008959 2.306831 2.979971
2020-10-03 17:00:00 4.603087 2.811466 2.868850
2020-10-02 17:00:00 2.567738 2.498787 2.819380
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.753750
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.692606
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.652922

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.680372
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.550141
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.488531
2020-10-02 17:00:00 3.567568 5.365854 3.386977
2020-10-01 17:00:00 3.251569 4.653061 3.269921
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 3.110773
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.983516

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.794395
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.796404
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.814308
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.754591 2.804695
2020-10-01 17:00:00 3.253530 3.253530 2.807962
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.788985
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.802650

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 13.161132 13.161132 7.503229
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 7.596234
2020-10-03 17:00:00 7.366985 4.911323 7.508615
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 7.399004
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.326007
2020-09-30 17:00:00 3.105968 6.516443 7.198221
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 7.139294

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.314644 2.389284
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.330745
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.275692
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.227341
2020-10-01 17:00:00 2.019447 2.019447 2.157561
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 2.078659
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 2.011465

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 4.899777 4.899777 2.608399
2020-10-04 17:00:00 5.258467 2.317291 2.608746
2020-10-03 17:00:00 4.466313 1.968206 2.620883
2020-10-02 17:00:00 3.550296 2.197802 2.676908
2020-10-01 17:00:00 2.676864 2.676864 2.664534
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.722602
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.744815

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 1.005025 1.005025 0.680687
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.780216
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.833371
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.876289
2020-10-01 17:00:00 0.411523 0.411523 0.924832
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 0.942076
2020-09-29 17:00:00 0.840336 0.246609 0.974522

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 3.691345
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.606818
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.590573
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.431772
2020-10-01 17:00:00 3.152174 3.152174 3.346270
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.390688
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.646091 3.329934

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 6.802986
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 6.643619
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.605891
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 6.256325
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 6.109471
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 5.830770
2020-09-29 17:00:00 2.857143 2.857143 5.627572

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 14.827586 14.827586 5.092920
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 5.000614
2020-10-03 17:00:00 7.730673 3.615960 4.834775
2020-10-02 17:00:00 7.889049 4.646974 4.736685
2020-10-01 17:00:00 8.661417 8.661417 4.568314
2020-09-30 17:00:00 4.693539 4.693539 4.444933
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 4.418932

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 4.822777 4.822777 3.857796
2020-10-04 17:00:00 9.079976 5.411906 3.746706
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.640764
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.578788
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.489039
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.416829
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.327259

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 4.938382
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.735723
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.615766
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 4.476538
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 4.331367
2020-09-30 17:00:00 2.330896 3.115455 4.155849
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.996838

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.360903 3.636438
2020-10-04 17:00:00 3.606279 2.233316 3.648948
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.599117
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.580694
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.583959
2020-09-30 17:00:00 4.460771 4.460771 3.510668
2020-09-29 17:00:00 3.920154 3.920154 3.433240

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 3.359777
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.227705
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 3.134147
2020-10-02 17:00:00 3.817186 3.817186 3.063295
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 3.006903
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.906864
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.861083 2.822350

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.758445 3.833615
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 3.630891
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.534755
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.391028
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.264816
2020-09-30 17:00:00 4.397706 4.397706 3.111928
2020-09-29 17:00:00 1.762452 1.762452 2.985977

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 5.707565
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 5.175003
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 5.239271
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 5.016886
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 4.722910
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 4.544461
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 4.256377

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.279029
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.236266
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 4.182949
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.910729 4.146138
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.286011 4.085876
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 4.027296
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.971076

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.087193 4.087193 2.979205
Basilicata 10.000000 1.541850 2.789874
Calabria 1.691176 1.691176 1.025704
Campania 12.453048 12.453048 7.323926
Emilia-Romagna 8.110733 8.110733 3.063995
Friuli Venezia Giulia 3.874539 3.874539 3.680372
Lazio 2.725574 2.725574 2.794395
Liguria 13.161132 13.161132 7.503229
Lombardia 5.150831 2.314644 2.389284
Marche 4.899777 4.899777 2.608399
Molise 1.005025 1.005025 0.680687
P.A. Bolzano 5.295950 5.295950 3.691345
P.A. Trento 11.238532 11.238532 6.802986
Piemonte 14.827586 14.827586 5.092920
Puglia 4.822777 4.822777 3.857796
Sardegna 6.581900 6.581900 4.938382
Sicilia 7.609988 3.360903 3.636438
Toscana 5.056026 5.056026 3.359777
Umbria 8.296943 1.758445 3.833615
Valle d'Aosta 13.131313 13.131313 5.707565
Veneto 9.319287 9.319287 4.279029
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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